임상시험 수탁기업(CRO)과 수탁연구개발기업(CDO)에 대한 세제혜택을 놓고 찬반 양론이 강하게 맞부딪혔다.

현행법에 따르면 CRO, CDO의 연구개발사항은 R&D에 대한 세제혜택 대상이 아니다. 조세특례제한법에 명시된 내용으로 수탁 연구활동은 조세 특례가 제한되는 것이다.

그렇지만 올해 4월 제정됐고 오는 10월 21일 시행을 앞둔 연구산업진흥법은 연구산업 발전 기반 조성 및 연구산업 경쟁력 강화에 목적을 두고 있으며 여기에는 연구개발의 전부 또는 일부를 외부로부터 위탁받아 수행하는 사업이 포함돼 있다.

국가 육성산업에 포함된 수탁연구사업이 세제 혜택에선 제외되고 있는 상황에서 국회 김영진, 정일영 의원(더불어민주당)은 한국바이오의약품협회, 한국납세자현합회와 함께 '바이오의약품산업 수탁연구개발비 세제 합리화 방안 마련 정책토론회'를 8일 개최했다.

이날 토론회에선 수탁연구기관에 대한 세제 혜택을 놓고 그 필요성과 법제 간 괴리 등이 확인됐지만 신중히 접근해야 한다는 의견과 팽팽한 대립을 이뤘다.

히트뉴스는 이날 국회토론회에서 언급된 내용을 토대로, 수탁사 세제혜택에 대한 긍정적 입장과 부정적 입장을 정리했다.

주제발표에 나선 한국납세자연합회 홍기용 회장은 현재 진행을 앞둔 연구산업 지원법안과 현 제도 사이 괴리가 존재한다고 지적했다. 또한 수탁기관에 대한 세제 혜택을 원천 차단하고 있는 조세특례제한법이 국내 수탁산업을 제한해 해외로 눈을 돌려야 하는 상황을 낳고 있다고 덧붙였다.

홍기용 회장은 "바이오의약품산업 특징은 실패확률이 크다는 것"이라며 "의약품 개발과 임상시험 등 모든 역량을 갖출 수 없는 한계에 따라 위탁이 많이 이뤄짐에 따라 수탁사들 역시 많을 수 밖에 없어 이에 대한 지원이 필요하다"라고 밝혔다.

또한 바이오산업을 정부 전략산업으로 삼고 있는 시점에서 '위탁사가 연구성과를 갖고 있고 수탁자는 연구용역일 뿐'이라는 부분에서 사고가 멈춰서는 안된다고 강조했다.

삼성바이오로직스 윤호열 전무는 "국내 바이오텍 성장속도는 무서울 정도로 눈에 보이지만 상품화가 되지 않고 있다"며 "R은 바이오텍이 D는 CDO가 수행하는 등 엄격하게 분리돼 있다"고 밝혔다.

R&D를 위탁자와 수탁자에 경계에 두지 않고 역활분리로 받아들여야 한다는 것이다.

윤 전무는 "중소바이오텍은 초기 물질에 주력하고 CDO는 물질에 대한 상업적 가치를 만드는 활동을 한다"며 "CDO가 상업적 가치를 갖춰 줘야 글로벌 바이오텍의 인정을 받을 수 있다"고 강조했다.

아울러 그는 "CDO, CRO는 초기물질을 '물건'으로 만드는 역할을 하고 있지만 국내에서는 사업기반이 아직 약하다"라며 "실제로 숨통을 틔울 수 있는 것들은 지금 시작해야 한다"라고 강조했다.

홍기용 회장 발표에 따르면 OECD국가 37개국 중 벨기에, 헝가리, 네덜란드, 루마니아, 영국 등 5개 국가는 수탁연구개발기업을 조세특례대상으로 삼고 있다(영국의 경우는 위탁자가 영국세금을 내지 않는 대기업일 경우만 해당).

오스트리아, 아일랜드, 슬로바키아(수탁자가 사적기관인 경우)는 위탁기업 혹은 수탁기업을 조세특례대상으로 두고 있으며, 덴마크와 아일렌드, 터키는 위·수탁기업 모두를 조세특례 대상으로 지정하고는 등 전체 11개 국가에서 수탁사에 세제혜택을 제공하고 있다.

홍 회장은 "OECD 국가 중 일부에서 수탁사에게 세제혜택을 제공하고 있는데 우리나라도 이를 사례로 수탁사 세제혜택을 고민해야 한다"며 "수탁사업이 활발한 바이오산업계를 우선으로라도 세제혜택을 논의해야 한다"라고 밝혔다.

한국조세재정연구원 전병목 본부장은 R&D에 대한 세제지원 근거는 R&D가 가져올 △제조기반 혁신 △성과 확산 등 외부성 있다며, R&D 중 위탁이 발생할 경우 외부성은 어디서 발생하는지 평가해야 한다고 밝혔다.

전 본부장은 "R&D 세제지원 대상에 위탁기업이 포함된 이유는 혁신이 일어날 수 있는 원초적 자금 투입이 위탁사에서 일어나기 때문"이라며 "세제혜택은 그 금액을 늘릴 수 있도록 하는 지원책"이라고 설명했다.

또한 그는 해외사업자가 국내에 들어와 수탁을 맡은 경우라면 수탁사 조세지원에 대해 생각해 볼 수는 있겠지만 이 같은 경우도 해외사업자의 R&D가 자체적으로 수행하는 개발과 동일한 수준의 긍정적 외부성을 초래할지는 살펴봐야 한다고 덧붙였다.

또한 전 본부장은 수탁사에 제공할 세제혜택이 적절한 지원책인가도 살펴봐야 한다고 지적했다.

그는 "세액공제는 일정기간 사업이 정상궤도에 오른 기업이 누릴 수 있는 혜택이라며 바이오의약품산업은 고위험군에 속하며 지속한 자금지원이 중요한데 이를 지원할 정책이 세엑공제가 맞는가에 대해서는 고민해야 한다"라고 설명했다.

동국대학교 김갑순 교수는 세제혜택 대상에서 수탁업체를 제외한 이유에 대해 살펴야 한다고 주장했다.

그는 "수탁연구개발업체를 세액공제 대상에서 제외하고 있는 조세특례제한법 시행령 개정 배경을 봐야한다"며 "연구개발이라는 범주를 국제기준에 맞게 정비한다는 것이 수탁업체를 제외한 이유"라고 밝혔다.

다만 그는 세제혜택에서 수탁사 누락이 단순히 다수결에 따른 결정이고, 수탁사의 세제혜택을 고민해야 하는 시점이라면 수적 우위에 밀린 나라들의 '예외'에 집중해야 한다고 말했다.

수탁사에 세제혜택을 주는 국가들이 수탁연구개발 글로벌시장에서 경쟁하고 있는 국가라면 경쟁력을 갖기위해 수탁사 세제혜택을 적극 도입해야 한다는 것이다.

또한 그는 위·수탁사 모두에게 세제혜택을 부여하는 것이 중복 세액공제 문제를 야기할 수 있다며 오스트레일리아(공제 받아야 할 액수를 환급) 등 다른나라 정책들을 참고할 필요도 있다고 덧붙였다.

이날 토론회에 참석한 기획재정부 조세특례제도과 배정훈 과장은 바이오산업 지원 필요성에는 공감하지만 △중복공제 △세법상 위·수탁 관계 △해외상황 등은 검토대상이라고 밝혔다.

그는 "의약품 R&D 중 위·수탁 관계에서 연구개발 발생 주체 및 실패책임 모두 위탁관계에 있지만 바이오산업 특성은 고려해야 할 것"이라며 "다만 면밀하고 신중한 검토가 필요하다"라고 말했다.

또한 그는 "조세원칙상 위탁기관이 공제받고 수탁기관도 공제받는 동일비용 이중공제 문제는 면밀한 검토가 필요하다"고 덧붙였다.

다만 그는 "위수탁관계를 세법상 어떻게 이해할 것인지도 고민해야 한다"며 "수탁사라고 해서 자체 연구개발에 세제혜택을 제한할 수는 없으며, 위수탁 공동개발일 경우는 세제지원이 될 수 있다"고 설명했다.